Когда платеж считается оплаченным, когда я внесла деньги на счет или когда они поступили на счет банка?

Денежное обязательство заёмщика по возврату кредита будет считаться исполненным в момент зачисления денежных средств на корреспондентский счёт банка-кредитора (статьи 309, 316, 408 гк рф).
п. 11 информационного письма №146 от 13 сентября 2011 года президиума высшего арбитражного суда рф "обзор судебной практики по некоторым вопросам, связанным с применением к банкам административной ответственности за нарушение законодательства о защите прав потребителей при заключении кредитных договоров"
в вашем случае обратитесь с претензией в банк, тем более это их банкомат, пусть объяснят где прокручивались ваши деньги это время