Имеет ли право заемщик банка написать заявление об оплате основного долга при наличии штрафных санкций.

В кредитном договоре какая очередность прописана и вами согласована?

гк рф:
статья 319. очередность погашения требований по денежному обязательству
 
сумма произведенного платежа, недостаточная для исполнения денежного обязательства полностью, при отсутствии иного соглашения погашает прежде всего издержки кредитора по получению исполнения, затем - проценты, а в оставшейся части - основную сумму долга.